Ученые, работающие над микробиомом кишечника, обнаружили и изолировали более 100 совершенно новых видов бактерий из кишечника здоровых людей. Исследование Института Wellcome Sanger, Института медицинских исследований Хадсона, Австралия, и Европейского института биоинформатики EMBL позволило создать наиболее полную коллекцию кишечных бактерий человека на сегодняшний день. Это поможет исследователям во всем мире выяснить, как наш микробиом поддерживает здоровье и какова его роль в заболевании.
Как сообщается сегодня (4 февраля) в Nature Biotechnology , новый ресурс позволит ученым определить, какие бактерии присутствуют в кишечнике человека, более точно и быстро, чем когда-либо прежде. Это также послужит основой для разработки новых способов лечения таких заболеваний, как желудочно-кишечные расстройства, инфекции и иммунные состояния.
Около 2 процентов массы тела человека происходит из-за бактерий, а кишечный микробиом является основным бактериальным участком и важным фактором здоровья человека. Дисбаланс в нашем кишечном микробиоме может способствовать развитию заболеваний и сложных состояний, таких как воспалительное заболевание кишечника, аллергия на синдром раздраженного кишечника и ожирение. Однако, поскольку многие виды кишечных бактерий чрезвычайно трудно выращивать в лаборатории, наши знания о них огромны.
В этом исследовании исследователи изучали образцы фекалий от 20 человек из Великобритании и Канады, успешно выращивали и ДНК секвенировали 737 отдельных бактериальных штаммов из них. Анализ этих изолятов выявил 273 отдельных вида бактерий, в том числе 173, которые никогда ранее не были секвенированы. Из них 105 видов еще никогда не были выделены.
Доктор Сэмюэль Форстер, первый автор статьи из Института Wellcome Sanger и Института медицинских исследований Хадсона, Австралия, сказал: «Это исследование привело к созданию самой большой и всеобъемлющей общедоступной базы данных кишечных бактерий, связанных со здоровьем человека. Кишечный микробиом играет важную роль в здоровье и болезнях. Этот важный ресурс в корне изменит способ, которым исследователи изучают микробиом ».
Стандартные методы, чтобы понять, как кишечный микробиом влияет на здоровье человека, включают секвенирование ДНК из смешанных образцов кишечных бактерий, чтобы попытаться понять каждый компонент. Тем не менее, эти исследования были серьезно затруднены из-за отсутствия индивидуально изолированных бактерий и эталонных геномов из них.
Новая коллекция культур и эталонные геномы сделают исследователей гораздо дешевле и проще определять, какие бактерии присутствуют в сообществах людей, и исследовать их роль в заболевании.
Доктор Роб Финн, автор из Европейского института биоинформатики EMBL, сказал: «Для исследователей, пытающихся выяснить, какие виды бактерий присутствуют в микробиоме человека, база данных эталонных геномов из чистых изолятов кишечных бактерий имеет решающее значение. Тогда, если они Если вы хотите проверить гипотезу, например, что конкретный вид обогащен определенным заболеванием , они могут получить сам изолят из коллекции и провести физические испытания в лаборатории, если этот вид кажется важным ».
Д-р Тревор Лоули, старший автор из Wellcome Sanger Institute, сказал: «Эта коллекция культур отдельных бактерий изменит правила игры для базовых и трансляционных исследований микробиомов. Благодаря культивированию некультурного материала мы создали ресурс, который будет проводить анализ микробиомов. быстрее, дешевле, точнее и позволит продолжить изучение их биологии и функций. В конечном итоге это приведет нас к разработке новых методов диагностики и лечения таких заболеваний, как желудочно-кишечные расстройства, инфекции и иммунные состояния ».
