Кукуруза появилась в нынешней центральной Мексике около 9000 лет назад и распространилась по всей Америке до европейского контакта. Кистлер и соавт. применил геномный анализ к древним и существующим линиям кукурузы в Южной Америке, чтобы исследовать генетические изменения, которые сопровождали одомашнивание (см. Перспективу Зедера). Происхождение современных сортов кукурузы, вероятно, связано с «полуомедицированной» линией, которая переехала из Мексики. Позднее улучшения произошли среди множества населения Южной Америки, в том числе в юго-западной Амазонии.
Одомашненная кукуруза произошла от дикого теосинта под влиянием человека в Мексике, начиная примерно за 9000 лет до настоящего времени (год до н.э.), пересекла Центральную Америку примерно на 7500 лет назад, и распространилась в Южную Америку до ~ 6500 лет до н.э. Ландрас и археологические геномы кукурузы из Южной Америки. предположить, что наследственная популяция кукурузы в Южной Америке была выведена из центра одомашнивания в Мексике и изолирована от генофонда дикого теосинта до того, как были зафиксированы признаки одомашненной кукурузы. Глубоко структурированные линии затем развились в Южной Америке из этой частично одомашненной популяции предшественников. Геномные, лингвистические, археологические и палеоэкологические данные свидетельствуют о том, что юго-западная Амазонка была вторичным центром улучшения для частично одомашненной кукурузы.
