РНК, особенно мРНК, в последнее время получила некоторую огласку как основной компонент вакцин против COVID-19.
Его типичная работа в организме заключается в переносе генетического материала , закодированного в ДНК внутри ядра клетки, внутрь клетки, где он трансформируется в белки, выполняющие различные функции в организме. Однако прежде чем это произойдет, РНК модифицируют, чтобы сделать ее более стабильной и зрелой.
Одна из наиболее распространенных и важных модификаций РНК в клетках животных называется N 6 -метиладенозин, или m 6 A. Ученые за последнее десятилетие выявили, что модификация m 6 A выполняет самые разнообразные функции, от программирования клеток до развитие эмбрионов.
Основная цель исследователей в области вычислительной медицины состояла в том, чтобы описать транскриптом — сумму всех считываний РНК клетки, включая такие модификации, как m 6 A. Имея это считывание, ученые могут сказать, когда гены выключаются и включаются. в клетке, решая в значительной степени окончательную судьбу клетки.
Исследование Кин Фай Ау из Медицинской школы Мичиганского университета, доктора философии. Департамента вычислительной медицины и биоинформатики успешно построил ландшафт m 6 A у эмбриона мыши , один из последних рубежей для картирования модификации m 6 A.
«Из-за ограниченного количества клеточного материала в раннем эмбриональном развитии очень сложно картировать модификацию m 6 A», — сказал Ау. Например, количество изучаемой РНК измеряется в пикограммах, одной триллионной части грамма.
Вместе со своими коллегами Арне Клунгландом, доктором философии, и Джоном Арне Далем, доктором философии, из Университета Осло в Норвегии, его команда завершила свое исследование, объединив эмбрионы мыши на шести стадиях развития, создав m 6 A по всему транскриптому . карты для каждого.
При этом они обнаружили интригующие закономерности модификации m 6 A генов, унаследованных от матери, по сравнению с генами, активируемыми развивающимся эмбрионом. Они также обнаружили распределение m 6 A в так называемых мобильных элементах , которые ранее считались «мусорными», поскольку они не кодируют белки, в развивающемся эмбрионе.
Это исследование заполняет пробел в области транскриптома и побуждает исследователей к дальнейшему изучению функции m 6 A во время развития, сказал Ау. «Теперь у нас есть более полное представление о различных слоях омики в раннем развитии эмбриона».