Исследователи из Института Фрэнсиса Крика разработали метод, который может помочь предсказать, будут ли люди с раком легких реагировать на химиотерапию, основываясь на том, какие гены включены в их опухоли.
В последние годы исследователи рака расширили наше понимание того, как определенные генные мутации влияют на развитие опухоли, эволюцию и реакцию на лечение. Однако само по себе наличие мутаций не дает полной картины биологии опухоли.
В своем исследовании, опубликованном на этой неделе в Nature Communications, ученые изучили экспрессию различных генов в опухолях, какие из них включены или выключены.
Сосредоточившись на генах, связанных с сигнальным путем RAS, исследователи проанализировали наборы данных, содержащие информацию об активности этих генов в раковых клетках . Из этих наборов данных и с помощью ИИ они составили уникальную генную подпись из 84 генов .
Когда ученые ретроспективно рассмотрели данные более чем 500 пациентов с раком легких , которые уже прошли курс лечения, генная сигнатура смогла правильно предсказать, какие пациенты получат и не получат пользу от химиотерапии.
Софи де Карне, соавтор и научный сотрудник лаборатории биологии онкогенов в Крике, говорит: «С учетом множества предлагаемых методов лечения рака и большего количества лекарств, находящихся на испытаниях, трудно предсказать, какое лечение имеет наибольшие шансы на успех. Поскольку мы знаем, что передача сигналов RAS участвует в различных механизмах лекарственной устойчивости, мы надеемся, что наша генная сигнатура поможет определить группы пациентов, которым может быть полезна специфическая терапия.
«Тем временем для достижения этой цели необходимо проделать большую работу. Его необходимо протестировать в пробных условиях, и мы также адаптируем его, чтобы упростить его развертывание».
Джулиан Даунворд, соавтор и главный руководитель лаборатории биологии онкогенов в Крике, говорит: «Наша работа показывает, что сигнальный путь RAS является решающим фактором в объяснении того, почему у пациентов с раком легких существует разный ответ на химиотерапию. … Уровни экспрессии генов в этом пути имеют большее значение, чем наличие определенных генных мутаций, включая мутацию в гене KRAS».
Филип Ист, первый автор и заместитель руководителя платформы биоинформатики и биостатистики в Crick, добавляет: «Благодаря передовым вычислительным инструментам мы можем использовать огромное количество существующих данных о раке. Это исследование показывает, как эти наборы данных могут привести к новым открытиям. которые могут улучшить результаты для пациентов».
Исследователи продолжат эту работу, в том числе изучат, можно ли также использовать их генную сигнатуру для прогнозирования того, какие пациенты с наибольшей вероятностью выиграют от иммунотерапии. И хотя эта сигнатура гена была оптимизирована для рака легких, этот метод можно было использовать для разработки сигнатур для других видов рака.
