Текущие анализы микробиома могут ложно обнаруживать виды, которых на самом деле нет.
Общие подходы к анализу ДНК из сообщества микробов, называемого микробиомом, могут давать ошибочные результаты, в значительной степени из-за неполных баз данных, используемых для идентификации последовательностей микробной ДНК. Группа под руководством Айзе Чиглиано из Sequentia Biotech SL и Клементе Фернандес Ариас и Федерика Бертоккини из Centro de Investigaciones Biologicas Margarita Salas сообщают об этих выводах в статье, опубликованной 8 февраля в журнале открытого доступа PLOS ONE .
Микробиомы были в центре внимания интенсивных исследований в последние десятилетия. Эти исследования варьируются от попыток понять такие состояния, как ожирение и аутизм, путем изучения кишечника человека , до поиска микробов, которые разлагают токсичные соединения или производят биотопливо, путем изучения экологических сообществ.
Наиболее часто используемые методы изучения микробных сообществ основаны на сравнении ДНК, полученной из биологического образца, с последовательностями в банках геномных данных. Таким образом, исследователи могут идентифицировать только те последовательности ДНК, которые уже есть в базах данных — факт, который может самым неожиданным образом серьезно подорвать надежность данных о микробиоме .
Чтобы проверить согласованность современных методов анализа микробиома, исследователи использовали компьютерное моделирование для создания виртуальных сообществ микробиомов, имитирующих популяции бактерий в реальном мире. Они использовали стандартные методы анализа виртуальных сообществ и сравнивали результаты с исходным составом. Эксперимент показал, что результаты анализа ДНК могут иметь мало общего с фактическим составом сообщества и что большое количество видов, «обнаруженных» анализом, на самом деле не присутствует в сообществе.
Исследование впервые демонстрирует существенные недостатки методов, используемых в настоящее время для идентификации микробных сообществ. Исследователи пришли к выводу, что необходимо активизировать усилия по сбору информации о геноме микробов и сделать эту информацию доступной в общедоступных базах данных для повышения точности анализа микробиома. Между тем, результаты исследований микробиома следует интерпретировать с осторожностью, особенно в тех случаях, когда доступной геномной информации из этих сред все еще недостаточно.
Авторы добавляют: «Это исследование выявляет внутренние ограничения в метагеномном анализе, связанные с текущими ограничениями базы данных и тем, как используется геномная информация. Чтобы повысить надежность метагеномных данных, необходимы исследовательские усилия для улучшения как содержания базы данных , так и методов анализа. к данным следует подходить с большой осторожностью».
