Coleanthus subtilis (Tratt.) Seidel (Poaceae) — редкая трава монотипного рода Coleanthus Seidl. Он находится под защитой во многих странах, таких как Чешская Республика, Северная Америка и Китай, из-за чрезвычайно короткого жизненного цикла, строгих условий среды обитания и размножения, а также разрушения среды обитания. Кроме того, C. subtilis обладает замечательной способностью вновь появляться в прежних местах обитания через длительные промежутки времени.
В марте 2021 года исследователи собрали образцы на пляжах реки Янцзы, а впоследствии они были обнаружены исследователями из Уханьского ботанического сада (УБС) Китайской академии наук в бассейне реки Сунгари в Харбине, которому почти 100 лет. после его последнего появления в Китае.
Интересно, что его распространение никогда ранее не регистрировалось вдоль реки Янцзы, и факторы, ответственные за это конкретное распространение, неясны. Филогенетическое положение C. subtilis и состав подтрибы Coleanthinae противоречивы, а отсутствие информации о хлоропластном геноме сильно ограничивает всестороннее понимание его филогении.
Исследователи WBG впервые секвенировали и собрали хлоропластный геном C. subtilis, а также провели сравнительный и филогенетический анализ с другими видами семейства Poaceae.
Хлоропластный (хп) геном C. subtilis имеет тетрадную структуру длиной 135915 п.н., что сходно с длиной и структурными характеристиками хп геномов других видов Poaceae. Ген accD и интроны генов clpP и rpoC1 были потеряны в геномах cp C. subtilis, в то время как ycf1, ycf2, ycf15 и ycf68 были псевдогенами, что является относительно распространенным явлением у Poaceae.
Хотя структура генома cp C. subtilis была относительно консервативной, было обнаружено 26 простых повторов последовательности и 13 высоковариабельных локусов, которые можно было бы использовать в качестве важных генетических маркеров для Poaceae.
Кроме того, результаты филогенетического анализа убедительно подтвердили, что Coleanthus и Phippsia были сестринскими таксонами друг для друга, и прояснили отношения между Coleanthus, Zingeria и Colpodium.
В этом исследовании представлен первоначальный отчет о геноме хлоропластов C. subtilis, который предоставляет важные справочные данные для дальнейших исследований его происхождения и имеет значение для популяционной генетики и сохранения этого вида.
Исследование было опубликовано в Frontiers in Plant Science под названием «Сравнительный и филогенетический анализ на основе хлоропластного генома Coleanthus subtilis (Tratt.) Seidel, охраняемого редкого вида монотипического рода».
Теги: растения
