Connect with us

Hi, what are you looking for?

Наука и технологии

Биоинформатики СПбГУ первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга

Биоинформатики СПбГУ первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга

Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ стали первыми российскими учеными, получившими грант Фонда Цукерберга на развитие своих проектов SPAdes и QUAST. Разработанные ими программы имеют открытый код и используются тысячами специалистов в области геномики по всему миру.

«Инициатива Чан — Цукерберга» (Chan Zuckerberg Initiative) — благотворительный фонд создателя Facebook Марка Цукерберга и его супруги Присциллы Чан, основанный в 2015 году. Его целью является помощь в решении сложных социальных проблем, среди которых искоренение болезней и повышение качества образования. Грант, который получил коллектив лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, направлен на поддержку программ с открытым исходным кодом, необходимых для биомедицинских исследований.

Лаборатория «Центр алгоритмической биотехнологии» была создана в СПбГУ в конце 2014 года в рамках проекта мегагрантов СПбГУ для решения важнейших вычислительных задач современной биомедицины. Флагманский продукт лаборатории — программа SPAdes (Saint Petersburg Assembler) — используется тысячами специалистов в области геномики по всему миру. Разработанная учеными Санкт-Петербургского университета программа восстанавливает полную первичную структуру геномной ДНК, то есть фактически расшифровывает генетический код.

QUAST (Quality Assessment Tool) — это программа, определяющая качество геномных сборок. Инструмент принимает несколько сборок, поэтому подходит в том числе для их сравнения. Таким образом, программы связаны логикой геномного проекта: оценка качества данных — сборка данных — оценка качества сборки — научный анализ.

«Это уникальный грант, аналогов которому нет. Он является признанием значимости для мировой науки пакета программ, созданных нашей лабораторией. Мало кто создает некоммерческие программы такого уровня и качества, а в России это без лишней скромности единственный бренд с десятками тысяч пользователей по всему миру и признанием лидерства обоих продуктов самыми строгими и придирчивыми экспертами», — отметила заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус.

По ее словам, мало создать хороший продукт, его также нужно достойно поддерживать технически — это масштабная и дорогостоящая работа, требующая высокой квалификации участников. «SPAdes и QUAST являются программами с открытым исходным кодом, и компаниям невыгодно поддерживать их финансово. «Инициатива Чан — Цукерберга» тем и ценна, что при распределении грантов она учитывает не только роль научной составляющей, но и потребность в дорогой «ненаучной» составляющей, без которой науке не на что опираться», — отметила Алла Лапидус.

Биоинформатики СПбГУ первыми из российских ученых получили грант Фонда Цукерберга

Теги: биотехнологии, СПбГУ, Цукерберг

В тренде